管理體制和機制不夠靈活。目前，大多數的實驗室從名義上來說是相對獨立，但實質上還是采用的行政管理體制。這種管理體制缺乏有效的激勵機制和人員進出機制，好的人才引不進來、留不住的現象比較突出，在某種程度上制約了實驗室的發展。另外，行政干預過多，必然導致效率相對低下，并且容易產生重點投資不足、重復投資等問題。

　　與國外相比，我國第三方食品檢測實驗室起步較晚，前后也就短短的10多年，其中雖有少數實驗室發展較快，個別甚至成為上市公司，但從行業的整體狀況來看，仍然存在不少問題和不足之處。

　　質量意識、獨立性和公正性有待提高。近年來，第三方食品檢測實驗室出現了不少檢測質量事故，個別事故影響面非常廣且造成嚴重后果，歸根到底，還是實驗室的質量意識不夠強所致。因此，要打造真正的“第三方”，就要打造“公信度”，保證實驗室的權威性、公正性和保密性。

　　實驗室的規劃、布局和規模不到位。據不完全統計，目前全國具有食品相關檢驗能力的技術機構有7000多家，大部分隸屬于衛生、農業、質檢、糧食等部門，從業人數近16萬人。但因各有關部門分頭建設，所以導致了資源分散、重復建設、利用率不高等問題。總體上來看，我國第三方食品檢測實驗室缺乏科學統籌安排，實驗室的設置結構不盡合理，存在不少缺項和遺漏，實驗室的質量和層次遠未能滿足現有工作的需要。

　　市場營銷能力、研發能力相對不足。目前，不少國內的食品實驗室沒有專門的市場開拓部門和人員，實驗室所設立的部門往往都是根據所從事的具體檢測工作而設立，有的實驗室即使有部門去負責市場營銷，但也很少有專人去深入研究市場的拓展。從業務構成上來看，特別是國有成分的實驗室，所開展的大部分業務是法定職責附帶而來。相比而言，國外的一些檢測機構，以及個別的國內商業實驗室，憑借其強有力的市場拓展能力，迅速地向整個食品供應鏈滲透，擁有了相當多的穩定客戶群。此外，比較突出的一點就是，我們的實驗室研發能力相對不足，不足以滿足檢測市場的需要。